IIT è sottoposto al controllo da parte della Corte dei Conti sulla gestione finanziaria a norma dell’art. 12 della legge 259/58 ("Partecipazione della Corte dei conti al controllo sulla gestione finanziaria degli enti a cui lo Stato contribuisce in via ordinaria"). La Corte dei Conti redige annualmente una relazione, diretta al Parlamento, sull’attività della Fondazione. Di seguito sono a disposizione i link delle relazioni pubblicate sul sito della Corte dei Conti dal 2011 ad oggi.